孙中山抱病北上，李大钊发动社会力量，组织了盛大的欢迎仪式。孙中山的病情加重，他指派李大钊为国民党中央政治委员会成员，参与他在北京的重要工作，李大钊全力以赴，联络各方力量。孙中山病逝，李大钊参加治丧并亲自抬棺、守灵。李大钊加强了对国民党左派的联合工作，与右派组成的“西山会议派”进行面对面的论战，由于他的影响，国民党“二大”在广州召开，继承了“一大”的路线，没有出席会议的李大钊再度当选国民党中央执委。李大钊在深入农民之中考察时，最先看到了农民对于中国革命的重要性，提出了建立农民武装的主张。他主持成立了内蒙古工农兵大同盟，并当选为主席。由于直、秦系军阀对国民军的联合攻击，加上帝国主义的支持，北方处于白色恐怖之中，三﹒一八惨案后，中央要求李大钊向南方转移，但李大钊坚持留在北京继续工作，李大钊关闭了国共两党的领导机关，搬到了苏联大使馆西院的一个旧兵营内，他的妻子和两个女儿也一同住在那儿。北京的白色恐怖更严重了，反动军阀加紧了对革命者的迫害。京报社长邵飘萍被杀。