深夜，在京都市内某家古董店，一根价值500万日元的金条被盗。时矢历彦在案发当晚偶然路过店门前，看到过一个奇怪男人，他把这当作调查的方向。听店长高泽说店里有防盗监控时，时矢和智佳都松了口气。这时，网络犯罪对策室主任但马正树找到二人。他告诉时矢此案不是单纯的盗窃案。在但马催促下，他们看到防盗录像，发现金条在空中悬浮，然后就从画面上消失了。从影像上看，简直就是“透明人”作案。时矢和智佳大吃一惊。实际上，这家店从安保公司引进的防盗监控系统，只要设定年龄和性别等条件，就可以把符何条件的客人从画面上抹掉。也就是说，犯人侵入安保公司的系统，设定了不拍摄到自己的条件，同时，解除了大门的警报系统，进入店中，堂而皇之地盗走了金条。但马将此案定性为前所未见的黑客利用网络犯罪，13系也加入了调查。防盗系统的开发者、安保公司职员北浦菜月也提出全面协助警方。就在这时，高泽被人杀死在店中。另外，虽然时矢已经记不起来了，实际上，三年前，但马曾短暂地在13系工作，而且与时矢搭档，不知为何，他对时矢怀有强烈的恨意。