龙马来到船宿寺田屋，见到酷似亡母阿幸的老板娘登势立刻决定住在这里，他说自己准备去神户学习驾船和战术，登势希望他能加油，为日本的未来好好努力。此时，龙马心中的一盏灯仿佛被点亮了一般，他回到神户操练所，和大家一起投入训练。长州藩自八月十八日政变后被赶出京城，又在池田屋事件中失去了许多同伴，他们终于决定奋起反抗。久坂打算进攻天皇的御所，桂不同意，否则长州会变成朝敌。元治元年七月，长州为了夺回天皇进军京城，与会津藩战斗，这就是后来的蛤御门之变。长州和幕府开战后京城陷入战火之中。长州深信只要控制天皇就能成为官军，但是萨摩藩却撕碎他们美梦。在海军操练所学习的龙马也得知了战事，他亲自到京城看了战况，战争带来的悲剧让他不知所措，他在战火纷飞中遇到了发誓报仇的桂小五郎，还把阿龙救出交给登势照顾。幕府内部也起了分歧，一桥庆喜认为应彻底肃清长州，而胜麟太郎则认为应避免内战，而他的职位和操练所都因此受到威胁。