共同抱着保护莱拉的目标，女巫冲破教会飞艇的重重封锁，飞进阿斯里尔开启的裂隙。李则逆流而上，在叶尼塞河源头，大片沼泽中心寻找到了失踪已久的格鲁曼博士。格鲁曼就是约翰·佩里，当年，他一心扑在研究上，就算要穿越裂隙前往其他世界，他也毫不犹豫。可当他想回家时，身后的路已关闭。而李想得到的那个东西，也正是他所寻求的。相传三百年前，有个哲学协会研究原子之间的联系，并根据掌握的知识制造出一把匕首，名为魔法神刀。这把匕首只要在合适人的手上，就能割开世界之间的通道，此人被称为持刀人。格鲁曼需要的就是这把匕首，再交给阿斯里尔就能回到家人身边。可一提到阿斯里尔，李就心生警惕。莱拉是个好女孩，她的父亲却是个自私的家伙。在得到格鲁曼再三保证后，李才带着格鲁曼返回萨莫斯基附近丛林，坐上库尔特夫人藏在里面的气球，赶往斯瓦尔巴特群岛。此时，博雷尔正密会库尔特夫人。之前，他以资助人身份找过玛丽院士。谁知玛丽听到，将来还会有军方投资，便拒绝合作。博雷尔弄巧成拙，只得去找库尔特夫人。等莱拉回来取真理仪时，就能控制莱拉，弄清楚玛丽院士的研究项目。但这么做的后果，就是博雷尔不得不把无人知晓的“窗户”，透露给库尔特夫人。库尔特夫人满怀惊异，穿过“窗户”，先到了喜鹊城。在被妖怪发现前，博雷尔迅速领着她再次穿过另一个“窗户”，前往另一个牛津。博雷尔和库尔特夫人都没想到，他们找寻的莱拉，此刻就在喜鹊城。莱拉和威尔望着城中尖塔一筹莫展，实在想不出该怎样进入这座没有门户的建筑。在城里寻找其他小孩打听时，潘注意到角落一扇木门上的装饰，与尖塔四周的天使雕像一模一样，只是尺寸小了许多。二人推门进去，走过长长的甬道，来到一间方方正正的大厅。大厅摆满书籍，像是某个古老协会遗址。从形状和方位来看，威尔相信，这里就是尖塔地基。向上进入尖塔主体，威尔和莱拉惊讶的看到一位老人手脚被缚倒在地上。老人叫贾科姆，是持刀人，可魔法神刀已被抢走。正说着，一道黑影扑了过来。威尔和莱拉急忙躲开，这才看到一个年青人手持匕首，面色不善。因魔法神刀极为锋利，能切开世间所有物体，包括无形之中的妖怪。年青人抢神刀的目的，就是为了保命。刀锋所过之处，无坚不摧。威尔再如何小心，仍被削断了右手无名指和小指。谁知贾科姆精神大振，鼓励威尔抢夺匕首。原来贾科姆也是经过战斗才得到匕首，右手同样没有无名指和小指。这就是真正持刀人的标记，说明威尔有资格得到魔法神刀。有莱拉和潘的协助，威尔终于夺下神刀。可一旦神刀离开尖塔，贾科姆就将失去保护屏障，成为妖怪的食粮。贾科姆却无所畏惧，找到新持刀人，他的使命就已终结。他指导威尔集中意念，切开通道，再归刀入鞘，用手指关闭通道。随后，还叮嘱了四个要求，打开的通道必须关闭，不得交给他人，不能用于卑鄙用途，必须保密。离开尖塔，回到暂停地，莱拉很难平静。威尔才是匕首的真正主人，很难启齿让他用匕首换回真理仪。威尔早已想好的解决办法，他会和莱拉一起回去，把真理仪偷回来。这个主意虽不是最好的，但却是目前情况下最可行的，莱拉不由得松了口气。然而事情的发展远非莱拉想象得那么简单。就在拒绝博雷尔的资助后，玛丽沮丧的坐在实验室，陷入迷茫。耳边突然响起一个声音，屏幕上的波纹剧烈颤动。暗物质回答了玛丽的每一个问题，它就是莱拉所说的尘埃，也是人类记载的神灵、天使。它干预人类进化，让人类成为万物之主，目的只有一个，复仇。