库珀深夜造访白宫，与总统迪亚兹见面。为避免外交危机，必须暂停雷丁顿的死刑，以彻底调查刺杀事件。库珀顾不上什么基本的礼仪，严厉斥责是迪亚兹无视雷丁顿的要求，才导致艾娃惨死。如果迪亚兹依旧执迷不悟，他就会将此事的内幕告知德国方面。子时刚到，行刑室的电话响起，死刑被叫停。虽然不清楚是赦免，还是缓刑，但伊丽莎白、邓比以及莱斯勒等人都松了一口气。白宫小会议室里，库珀、安娜通过网络视频，与刚在鬼门关前走了一遭的雷丁顿通话。司法部已同意给雷丁顿四十八小时找到杀害艾娃的人，如果成功就恢复豁免协议，否则死刑将继续执行。调查工作必须处于保密状态，雷丁顿还要佩戴GPS脚环。一旦潜逃，刚刚救他出火坑的库珀就要担上教唆纵容越狱的罪名。监狱外，伊丽莎白和邓比看着雷丁顿走出监狱大门恍若隔世。可雷丁顿的话让他们傻了眼，雷丁顿根本不知道凶手在哪。等到了特别小组基地，雷丁顿给出了嫌疑人的姓名巴斯蒂安，那个改头换面还试图炸了联合国的民粹份子。从被捕入狱开始，雷丁顿就在挖掘这条线索。到联邦医疗中心，调查四郎将军，查到一瓶毒虫汁寄往巴斯蒂安位于伦敦的公寓，邓比在巴斯蒂安公寓查到五百万美元汇给了加密银行家，加密银行家又存进乔纳斯的户头用以换取艾娃的行程安排和通行证，最后巴斯蒂安在酒店内实施下毒。艾娃此来是为了向韦德议员披露一起妄图袭击美国的阴谋。现在艾娃遇害，巴斯蒂安必会对其他知情者下手。阿兰姆调出联合国爆炸案的调查报告，在巴斯蒂安放置炸弹的会议室与会人员名单中，雷丁顿认出一名叫克里斯托弗的前军情六处特工兼联合国安全顾问。如果真有一份关于袭击美国的情报档案，克里斯托弗必定就是编写档案的情报官员。通过线人，雷丁顿得知克里斯托弗住在哥伦比亚高地。莱斯勒和纳瓦比率领应急小队突袭克里斯托弗的住所，找到受重伤的克里斯托弗，保险箱里的U盘已被取走。巴斯蒂安翻窗而出，从防火梯逃之夭夭。克里斯托弗临死前，把U盘密码告诉了纳瓦比，但没有文件也是枉然。在饭馆里享受午餐的雷丁顿接到消息，正想对策时，巴斯蒂安突然出现在他面前。雷丁顿立刻明白了一件事，巴斯蒂安能找到这里唯有一个可能，有人泄露了GPS定位。除了特别小组成员，只有一人能获取GPS数据，那就是司法部长助理安娜。巴斯蒂安承认受雇于德国极右组织“黑拳”，行刺艾娃的原因是她阻碍了德国民族主义的复活。可雷丁顿很清楚，巴斯蒂安被骗了。想置艾娃于死地的人并非“黑拳”，而是美国政府的人，只因为艾娃发现了一起袭击美国的阴谋。为了证实自己的话，雷丁顿写出了密码。巴斯蒂安当即在手机上查看克里斯托弗所写报告的内容，确认与德国无关，全部是关于袭击美国的计划。得知被骗后，巴斯蒂安愤而离开，带走了U盘。雷丁顿心里明白，他的下一个目标就是司法部的安娜。雷丁顿把消息通报给特别小组。因一时找不到纳瓦比，莱斯勒和伊丽莎白即刻出发赶往安娜公寓。应急小队抵达时，巴斯蒂安从后门逃走。安娜虽神色紧张，但安然无恙，客厅里还有具不知名的外卖员尸体。莱斯勒和伊丽莎白紧追不舍，终于在路边抓到了巴斯蒂安。巴斯蒂安没有反抗，愿意用一个秘密换取优待。可没等他细说，一枚子弹穿颅而过，当场毙命。找到了行刺艾娃的凶手，雷丁顿的豁免协议随即生效。安娜强调了三点，一如果库珀公开这份协议，协议作废；二雷丁顿再犯案，协议作废；三特别小组成员知道雷丁顿犯案又知情不报，以同谋罪论处。新协议生效后，安娜成为特别小组监管人。雷丁顿虽然没有看到克里斯托弗的档案详情，档案也下落不明，但目前看来一定与安娜有牵连。只要安娜监管特别小组，要揭露这场阴谋背后的真相就不会简单。库珀很高兴看到自己又爱又恨的人重回人间，但不得不面对另一名得力手下的离去。自从纳瓦比上次坠河后（详见S05E21），缺氧对大脑造成的损伤日渐恶化。除了丧失语言组织能力，出外勤时也渐感力不从心。为了不拖小队后腿，她毅然提出辞呈。