陈云组织部队学习文化和科学技术，重新编制了部队，叫做中国工农红军西路军总支队。　　西路军余部一直在等待去苏联学习，但由于七七事变爆发，苏联决定撤销总支队去苏联学习，改为就地学习。　　1937年11月，陈云和王明等一行人回到延安，毛泽东等去机场热烈迎接，在欢迎的人群中陈云和席懋昭相见，又惊又喜。　　陈云回到延安后，发觉毛泽东和王明有了嫌隙。中共中央召开会议，确定了新的领导机构，陈云接替博古担任中央组织部部长。　　陈云在毛泽东的建议下读了《实践论》、《矛盾论》等书籍，同时还给中央党校的学员上课。　　在课上，陈云和于若木相识，于若木对陈云产生了好感，再加上组织派于若木照顾陈云，二人产生了情愫。　　为了给八路军和新四军筹集资金、采购物资，陈云派秦邦礼去香港开公司。