陈云身体出现不适，决定去上海检查身体，结论是由于神经疲劳导致，需要休息至少两到三个月。南宁会议上，毛泽东对反冒进再次进行了严厉的批评，提出要搞积极平衡的经济，批评的矛头也指向了陈云。毛泽东开始直接抓经济工作，大跃进到来。大跃进给地方上带来了极大的危害，生产质量下降，生产事故频发，陈云到地方调查研究，还亲自下到煤矿，经过调查研究，他给毛主席写了报告，提出目前只图数量，不管质量，规章制度也出现了问题，但陈云的提议没有得到重视。1959年，陈云因心脏病问题在杭州休养了一年多。